De dokter brengt het slangetje via je mond in de slokdarm, maag en twaalfvingerige darm (dit heet een duodenoscopie) en kan zo de binnenkant goed bekijken. Daarna wordt via je anus een ander slangetje naar binnen geschoven en kan de arts de binnenkant van het onderste deel van je darm bekijken (dit heet een colonoscopie). Ook kunnen er kleine 'hapjes' (biopten) uit de darmwand worden weggenomen en worden opgestuurd voor onderzoek.
Een endoscopie is een veilig onderzoek. Toch kan er soms een complicatie optreden. Bij een duodenoscopie is dat bijvoorbeeld een longontsteking, wanneer er inhoud van de maag in de longen terechtkomt. Daarom moet je nuchter zijn voor het onderzoek.
Bij een colonoscopie ontstaat er soms bloedverlies of een scheurtje of gaatje in de darmwand. De kans hierop is groter wanneer de darm ernstig ontstoken is of als er sprake is van een vernauwing. Je kunt dan last krijgen van buikpijn en later koorts. Neem in zo’n geval altijd contact op met het ziekenhuis, of laat je ouder/verzorger dat doen.
Voordat je naar huis gaat, vertelt de arts aan jou en je begeleider wat hij heeft gezien. Als er stukjes slijmvlies zijn afgenomen, duurt het ongeveer 10 dagen voordat dit onderzocht is. De arts spreekt met jou en je begeleider af hoe en wanneer hij de uitslag geeft.